Kostel byl vysvěcen až roku 925 u příležitosti přenesení ostatků svaté Ludmily z Tetína. Roku 1142, za obléhání Prahy Konrádem Znojemským, kostel s přilehlým klášterem vyhořel. Znovuvybudován byl druhou zakladatelkou kláštera abatyší Bertou a další obnova pak probíhala za abatyše Anežky Přemyslovny, která zároveň nechala přistavět kapli sv. Ludmily.

Za husitských válek byl klášter zpustošen a opět obnoven byl až po návratu benediktinek za vlády Zikmunda Lucemburského.

Mezi lety 1717 až 1722 pak byla k zapadnímu průčelí přistavěna kaple sv. Jana Nepomuckého, v jejímž oltáři je umístěna skleněná skřínka s lidskými ostatky, které byly údajně přivezeny z Říma a patří jisté svaté Theodoře.