Předchůdkyní dnešní baziliky byla kaple svatého Benedikta, postavená v roce 1104. O několik let později přibyl ke klášteru i kostel s původním patrociniem Nanebevzetí Panny Marie. Svatému Prokopovi byl kostel zasvěcen až dlouho poté, a to v roce 1704 na počest pětistého výročí Prokopova svatořečení.

Klášter v Třebíči rychle nabýval na významu a bohatl, což si vyžádalo také významné stavební změny. Kolem roku 1240 tak proběhla rozsáhlá přestavba celého objektu na klášterní pevnost. V této podobě se bazilika svatého Prokopa v podstatě dochovala dodnes.

Baziliku svatého Prokopa v Třebíči si můžete prohlédnout v rámci komentovaných prohlídek (s průvodcem i samostatně), které vás zavedou i do nejcennějších částí baziliky - tedy do krypty s původní, více než 700 let starou výdřevou stropu.

Podle místní pověsti by z krypty měla vést tajná chodba do nedaleké čtvrti Sokolí. V této chodbě by zároveň měl být uložen poklad, jež tu mniši v 15. století údajně ukryli před husity.