Kostel sv. Petra a Pavla je trojlodním gotickým kostelem, jemuž vévodí 60 metrů vysoká věž - zvonice. Věž, tyčící se nad romantickým soutokem Labe a Vltavy, je nepřehlédnutelnou dominantou města. Návštěvníkům je v otevíracích hodinách přístupná od března do října.

Věž byla stavebně dokončena v poslední třetině 15. století, samotný kostel ovšem vznikl pravděpodobně již kolem roku 1000. Tehdy byl ještě zasvěcen pouze svatému Petrovi.

Přístupná je také krypta s kostnicí, nacházející se pod kněžištěm chrámu. Kostel byl kdysi obklopen hřbitovem, právě s ním je spojen vznik kostnice. V kostnici jsou kosti ukládány již od 30. let 16. století, ostatky v kryptě náleží asi 15 tisícům lidí.

Původně byly kosti ukládány bez jakékoli organizace podle toho, jak byly zrovna vybrány ze země - zejména tedy při morových epidemiích kvůli nedostatku místa na pohřbívání. Po roce 1787 se kostnice v českých zemích rušily, ale mělnická kostnice byla jako jedna z mála zazděna a ponechána. Na počátku 20. století byla odborně přezkoumána a antropologem Jindřichem Matiegkou přeskládána, na což upomíná i pamětní deska.