Hrad Rotštejn byl založen ve 13. století Jaroslavem z Hruštice z rodu Markvarticů. Hrad nechal vystavět pro svého syna Voka, který tímto mohl založit nový rod Rotštejnů. Mimochodem Vokův bratr Zdeněk se také stal zakladatelem nového rodu, známého jako rod Valdštejnů.

Rotštejnům významně škodili šlechtici z blízkého okolí, rozepře nakonec vyvrcholily v roce 1318, kdy celé panství včetně hradu zpustošilo vojsko čítající více než 150 šlechticů. O století později, v roce 1415 rod Rotštejnů vymřel a panství připadlo Vaňkovi Paldrovi z Vařin. Velmi krátce na to se tudy prohnali husité a pravděpodobně hrad Rotštejn dobyli.

Od té doby již Rotštejn nikdo neobýval, hrad čelil pouze přirozeným silám počasí, zvětrávání a poklesu terénu. K tomu se přidali lidé, rozebírající původní panské sídlo, a tak dnes návštěvníci mohou objevovat pouze torzo původního hradu.

Unikátní ovšem je, co se dělo se zříceninou Rotštejna během 17. století - vznikl zde totiž komplex vesnického osídlení. Lidé tehdy prchající z měst objevily dutiny ve skalách a začali si je přizpůsobovat k žití. Skalní hrad Rotštejn využívali jako chlév, chalupu, sklad i sušárnu ovoce, a to až do 20. let minulého století. Výzkum v tomto směru stále probíhá.

Hrad Rotštejn je zajímavý také co do kulturního vyžití. Konají se zde výstavy a setkávání různého druhu. O zříceninu v současnoti pečuje volné trampské sdružení, spolek ochrana Klokočských skal.