Věž byla původně koncipována jako reprezentativní symbol a místo výběru cla. Její výstavba začala v roce 1475. Brána, původně nazývaná „Nová“, měla základy sahající devět metrů pod úroveň dnešního terénu a byla vysoká 42 metrů. Zůstala však nedokončena.

Kolem roku 1715 začala věž sloužit jako skladiště střelného prachu, odtud název „Prašná“. Při pruském obléhání Prahy roku 1757 pak byla značně poničena a dnešní vzhled věž získala až v letech 1878–1886, kdy ji upravil architekt Josef Mocker podle předlohy Staroměstské mostecké věže.