S výškou 65,7 metrů je Jindřišská věž nejvyšší volně stojící zvonicí v Praze. V roce 1577 byly do věže instalovány hodiny. Ciferník zdobí po stranách barevné znaky Starého a Nového města a zemí Koruny české.

V roce 1648, v době obléhání Prahy Švédy, sloužila věž jako vojenská strážnice, přičemž byla pobořena švédskou dělostřelbou. K dalšímu dělostřeleckému poškození pak došlo v roce 1757, kdy Prahu obléhala pruská vojska.

V roce 1879 byl kostel, spolu s přilehlou zvonicí Jindřišskou, upraven a regotizován pod dohledem architekta Josefa Mockera. Zrušen byl také přilehlý hřbitov, který byl využíván, zvláště při morových ranách, do roku 1787. Pozůstatky náhrobních desek byly přilepeny na fasádu kostelu a některé náhrobky jsou umístěné i uvnitř v jeho vstupní části.