Stavba kostela probíhala od roku 1720 na náklady zdejšího opata Václava Vejmluvy. Kostel měl být zbudován na travnatém vršku, který Vejmluva pojmenoval Zelená hora podle vrchu u obce Nepomuk, odkud pocházel Jan Nepomucký. Právě jeho osobě byl kostel zasvěcen. Ve stejné době, přesně 9. března 1729, byl Jan Nepomucký kanonizován.

Kostel je úchvatnou a originální podívanou, jejímž autorem je český architekt s italskými kořeny Jan Blažej Santini-Aichel.

Jan Nepomucký je symbolem věrnosti ke zpovědnímu tajemství. Podle legendy jej v roce 1393 dal tehdejší král Václav IV. mučit a nakonec i utopit ve Vltavě, když odmítl prozradit informace z královniny zpovědi. Během mučení mu byl vyříznut jazyk.

Jan Nepomucký byl již od počátku 17. století považován za českého patrona, po jeho kanonizování je již oficiálně uctíván jako ochránce zpovědního tajemství, patron mostů při povodních a také patron řemesel, které mají co do činění s vodou.

S Janem Nepomuckým je spojen symbol pěticípé hvězdy - tento symbol se odráží v půdorysu celé stavby kostela na Zelené hoře. Kostel má také pět oltářních výklenků, dvakrát pět kaplí kolem centrálního prostoru, pět východů, dokonce i na hlavním oltáři se nalézá pět hvězd a pět andělů. Číslo pět nese v křesťanství symboliku pěti Kristových ran a také symboliku mlčení (z latinského tacui, tedy "mlčel jsem").

Pět hvězd mimochodem najdeme také na svatozáři sochy Jana Nepomuckého, která se nachází na pražském Karlově mostě v místě, kde měl být zavražděn.