Kostel Nanebevzetí Panny Marie a svatého Jana Křtitele byl v Sedlci vystavěn na počátku 14. století po vzoru severofrancouzských katedrál. V sousedství kostela se mezitím velmi rychle rozrostlo středověké město Kutná Hora, které těžilo z výrazného bohatství díky dolování stříbra.

Původní středověká podoba chrámu se ne zcela dochovala, zejména tedy v důsledku husitských válek. Během té doby byla Katedrála Nanebevzetí Panny Marie a svatého Jana Křtitele spolu s klášterem vypálena a vypleněna. Dlouho byl chrám v žalostném stavu. Přestavby se dočkal až o téměř tři staletí později.

Za přestavbou v duchu barokní gotiky stojí významný český umělec a architekt Jan Blažej Santini-Aichel. Santini vetkl několik působivých a unikátních prvků do interiéru chrámu, například nádhernou klenbu hlavní lodi, nebo zcela unikátní samonosné točité schodiště či samonosnou klenbu známou pod názvem česká placka.

Chrám se ze svého znovuotevření a vysvěcení v roce 1708 těšil jen krátký čas. Roku 1784 byl v rámci josefínských reforem zrušen sedlecký klášter i katedrála a v jejich prostorech se dále skladovala mouka. Z kláštera se brzy poté stala tabáková továrna, která i v současnosti patří koncernu Philip Morris.

Samotný chrám naštěstí čekal příznivější osud. K církevnímu užívání byl navrácen roku 1806. Od roku 1995 je Katedrála Nanebevzetí Panny Marie a svatého Jana Křtitele zapsána spolu s nedalekou kostnicí, vnitřním centrem Kutné Hory a monumentálním Chrámem sv. Barbory na seznam památek UNESCO.