Hrad Helfenburk nechal na místě dřívější dřevěné tvrze vystavět Petr z Rožmberka zhruba v polovině 14. století. Povolení výstavby získal Petr se svými bratry přímo od císaře Karla IV., a to jako odměnu za jejich pomoc při potlačení povstání v italské Pise.

Zajímavostí je, že v období husitských válek zde byli vězněni husitští kněží, a to i přesto, že tehdejší majitel panství Oldřich z Rožmberka byl vychováván v duchu Husova učení. V následujících letech Rožmberkové nebyli schopni pro velké dluhy panství udržet ve svém vlastnictví, a tak Helfenburk i s Bavorovem a dalšími desítkami vesnic získali na čas Lobkovicové. Na počátku 16. století jej ovšem Rožmberkové znovu kupují zpět.

Hrad Helfenburk byl uzpůsoben nejen pro sídelní účely - k tomu sloužil rozlehlý dvoupalác - ale také měl skvělý obranný systém. Význam obranných prvků ovšem v době, kdy se Rožmberkové vrací na své dřívější panství Helfenburk, pomalu ztrácí na významu a stává se zastaralým. Již na konci 16. století tak hrad opouští jeho poslední obyvatelé, po čase jej Rožmberkové prodávají Prachaticím a tak začíná proměna kdysi monumentálního a významného hradu v zříceninu.

Zničující rozklad zastavila až konzervace zdí ve 20. letech minulého století, která taktéž umožnila otevření této nádherné památky pro širokou veřejnost. Romantický Helfenburk nabízí kromě rozlehlých trosek i pěknou vyhlídku z jižní věže, která dnes slouží jako rozhledna.