V roce 1602 ji získal Petr Vok. Vytvořil z ní své letní sídlo, které roku 1610 daroval Theobaldu Hockovi. Za něho bylo dostavěno spolu s obcí i opevnění tvrze a kamenná hradba, zajištěná příkopy a zesílená válcovými věžemi.

Po bitvě na Bílé hoře získali Žumberk spolu s blízkými Novými Hrady Buquoyové. V 18. století sloužila tvrz jako úřednické sídlo.

Dnes je tvrz po rozsáhlé rekonstrukci a patří mezi chráněné kulturní památky České republiky. Sídlí zde pobočka Jihočeského muzea v Českých Budějovicích.

Tvrz je veřejnosti přístupná od dubna do října, zároveň její romantické prostředí je ideálním a vyhledávaným místem pro svatební obřady.