Horní patro, které mělo být využíváno jako kaple pro bohoslužby za zemřelé, se ale pravděpodobně vůbec nedostavělo. Svůj význam totiž ztratilo s postupnou výstavbou chrámu sv. Barbory. V té době zde byl také založen hřbitov, který se zřejmě rozkládal na místě dnešní jezuitské koleje.

Dokud v Kutné Hoře působili jezuité, sloužila jim kaple Božího těla jako oratoř. Po roce 1773, kdy došlo ke zrušení řádu, ztratila kaple na významu a dostala se do rukou soukromých majitelů. Kaple pak sloužila jako skladiště nebo varhanářská dílna. Postupně chátrala až se v 90. letech 20. století dostala na seznam sta nejohroženějších památek na světě.

Kaple se naštěstí mezi lety 1997 až 2000 dočkala rozsáhlé rekonstrukce, díky níž dnes můžeme nahlédnout do jedné z mála celistvě dochovaných vrcholně gotických prostor v české zemi.