Pernštejnové zabrali rozlehlé území, které dokonale opevnili mohutným hliněným valem s hradbou na úpatí a vodním příkopem kolem. Uvnitř tohoto areálu vyrostl palác, který vyhovoval nárokům tehdejšího renesančního stylu života aristokracie.

Roku 1560 prodali Pernštejnové Pardubice králi, panství se stalo královským komorním majetkem a zámek Pardubice přestal sloužit jako rezidence. V 17. století byl na pardubickém zámku zřízen pivovar, v 18. století sloužil jako sklad textilky a k ubytování vysloužilých důstojníků. Původní výbava a výzdoba interiérů tak samozřejmě zmizela.

V roce 1920 zámek koupil v pozemkové reformě pardubický Musejní spolek. Postupně byly odkryty rozsáhlé nástěnné malby a instalovány sbírkové expozice. V současnosti jsou v prostorách zámku umístěny stálé expozice Východočeského muzea.

Zámek Pardubice dnes nabízí několik prohlídkových okruhů, které návštěvníky zavedou např. do rytířských sálů, kaple Tří králů, do krytu civilní obrany na zámeckou věž či do historického centra města.