Nejvýznamnějším artefaktem kostela je bezesporu soška Pražského Jezulátka, které je velmi oblíbené mezi turisty - zejména ze Španělska (země svého původu). Soška pravděpodobně pochází z 16. století, kdy ji do Prahy přivezla španělská dvorní dáma Marie Manrique de Lara. Kostelu ji pak věnovala její dcera Polyxena z Lobkovic.

Pod kostelem jsou také rozsáhlé podzemní prostory (krypta), v nichž jsou uloženy rakve mumifikovaných řeholníků.