Roku 1432 střechu kostela zachvátil silný požár po úderu blesku. Silnému čtyřhodinovém požáru podlehla celá střecha a roztaveny byly dokonce i zvony. V pravé-jižní věži dnes opět visí tři zvony, které byly po požáru znovu ulity v roce 1437 pražským zvonařem Jeronýmem. Největší z nich „Jiljí” vážící asi 2800 kg, je nejstarší zvon v Praze.

Dnešní charakteristická silueta chrámu s jednou věží je pozůstatkem z roku 1826, kdy pravá věž dostala střechu v podobě jehlanu, zatímco levá věž již nebyla dokončena.

Na výzdobě interiéru z 18. stol. se podíleli významní umělci, zejména pak malíř Václav Vavřinec Reiner, který je zde pohřben před oltářem sv. Vavřince.

V kostele sv. Jiljí natočil mj. režisér Miloš Forman některé scény svého filmu Amadeus. Dnes se zde konají koncerty vážné a varhanní hudby.