Kaple byla postavena v první třetině 18. století na místě původní gotické kaple svatého Jakuba ze 14. století. Kapli Smrtelných úzkostí Páně vymaloval roku 1729 malíř Jan Adam Schöpf.

Kaple měla v době výstavby uzavírat křížovou cestu vestavěnou ve zdi městského hřbitova, který původně kapli i s katedrálou svatého Mikuláše lemoval. Toto svaté místo bylo v důsledku josefínských reforem zrušeno a přeměněno ve skladiště, v roce 1855 ovšem biskup Jan Valerián Jirsík nechal kapli obnovit.