Hrad nejprve pobořili husité, osudnou se mu ovšem stala až 30letá válka - hrad přestal být udržován a byl označen za tzv. "prokletý hrad", který již nesměl být opravován. Svou výhodnou polohou totiž mohl lákat nepřátele panovníka.

V 19. století tak z Kokořína zbyla jen zřícenina, kterou si tehdy oblíbil Klub českých turistů i čeští malíři a básníci, včetně Karla Hynka Máchy.

O obnovu památky tak jak ji známe dnes, se zasloužil Jan Špaček, který hrad na konci 19. století zakoupil a započal rozsáhlou rekonstrukci. Hrad byl obnovován i s pomocí tehdejších předních historiků. Rodině Špačků Kokořín patří dodnes (hrad byl rodině navrácen v restituci).

Hrad Kokořín je opředen také různými legendami. Říká se, že se stal útočištěm loupeživých rytířů v čele s Petrem z Petrovic, kteří byli postrachem celého okolí. Na počátku 20. století bylo při rekonstrukci nalezeno dvacet dva lidských koster ve sklepení pod věží. Mohlo se tak jednat o samotné loupežníky, kteří zde mohli být za trest zazděni, anebo o jejich rukojmí, za které rytíři žádali výkupné.

K loupeživým rytířům se pojí také pověst o statečném mlynáři, který tlupu lapků porazil. Petrovský porážku neústal a rozhodl se, že se mlynářovi pomstí. Svedl tak jeho dceru a unesl ji na hrad, kde ji měli rytíři zneuctít a zmrzačenou vrátit zpět jejímu otci. Hospodyně se nad ní ovšem slitovala a pomohla jí z hradu utéct.

Jedna linie příběhu dále vypráví, že dívka přežila a navedla svého otce k hradu, kde lapky pobil do jednoho. Temnější příběh ovšem říká, že nebohou dívku na útěku chytil sám Petrovský a brobodl ji u hradní zdi. Od té doby se zde zjevuje bílý přízrak s krvavou skvrnou.