Šumavská jezera vznikla koncem třetihor, kdy se při ochlazování klimatu vytvořily na úbočích svahů ledovce. Při jejich postupném odtávání pak pod svahy vznikly mohutné hráze z kamenů a štěrku, které tající vodu zadržely.

Černé jezero má rozlohu 18,43 ha a je největším i nejhlubším (40 m) ledovcovým jezerem na Šumavě a v Bavorském lese. Pojmenované bylo po zdánlivě černé barvě vody, v níž se odráží okolní husté lesy a 300 metrů vysoká stěna Jezerní hory, která je nejvyšším vrcholem na Železnorudsku (1343 m).

Čertovo jezero je s rozlohou 10,33 ha druhým největším šumavským jezerem. Jezero leží v nadmořské výšce 1030 m, jeho hloubka dosahuje k 37 metrům a napájí ho spodní prameny i vnější přítoky.

Na skalách nad Černým jezerem hnízdí kriticky ohrožený sokol stěhovavý. V okolí jezera mají svá hnízdiště i další ohrožené druhy ptáků - kulíšek nejmenší, sýc rousný či jeřábek lesní. Celé území rezervace je také domovem kriticky ohroženého tetřeva hlušce a v okolním (pra)lese se občas ukáže i rys ostrovid.

Tradiční výletní okruh přes obě jezera a kolem Jezerní hory je tak zárukou zajímavého přírodního dobrodružství.