Kostel, který vznikal mezi lety 1720-29 byl vůbec první církevní stavbou Kiliána Ignáce Dienzenhofera. Po levé straně kostela se nachází klášterní budova a k ní symetricky na druhé straně pak budova bývalého špitálu.

Klášter zde kolem roku 1700 postavil řád voršilek. Sestra jedné z místních řeholnic při soudním řízení odpřisáhla, že se v klášteře roku 1701 po modlitbě ke sv. Janovi zázračně uzdravila. Byl to první ze čtyř zázraků, které měl sv. Jan vykonat. To následně rozhodlo o výstavbě nového kostela, který nahradil stávající kapli sv. Anny a byl by zasvěcen právě sv. Janovi Nepomuckému.

Kostel zdobí obrazy od Jana Kryštofa Lišky, které sem byly umístěny počátkem 20. století ze zbořeného kostela sv. Vojtěcha u Prašné brány.