Kostel vznikl na počátku 17. století přestavbou původního luteránského kostela svatého Matouše, který sloužil jako rodinná hrobka Valdštejnského rodu, jemuž náležel místní zámek. Po rekatolizaci byl založen klášter a kostel byl nově zasvěcen Nanebevzetí Panny Marie. Po josefínských reformách byl ovšem odsvěcen a zchátral, toho času sloužil jako skladiště.

Důležitý pro kostel je ovšem rok 1831, kdy jej rod Collaltů (tehdejších majitelů zámku) nechal obnovit a zasvětit ve jménu blahoslavené Juliáně di Collalto. Juliána žila a působila jako abatyše ve 12. století v klášteře v Itálii. Údajně byla velmi zbožná a ctnostná. Podle dobových pramenů se během jejího pohřbu děly zázraky, mimo jiné byly vyslyšeny modlitby o osvobození od migrény. Bolestmi hlavy prý ke konci života sama Juliána trpěla.

Vzácná relikvie s ostatky této blahoslavené řeholnice se dostala do kostela v roce 1941 díky iniciativě rodu Collaltů. Tato relikvie je v brtnickém zámeckém kostele dodnes.