Kolumbárium bylo zřízeno v kasematech pevnosti Terezín poté, co byl v roce 1942 zahájen provoz nedalekého krematoria. Zpopelňovány zde byly ostatky obětí tisíců osob z ghetta i věznice v Malé pevnosti.

Urny byly nejprve dřevěné, později papírové. Velká část se jich nedochovala - na příkaz SS bylo v roce 1944 zhruba 3000 uren zakopáno v blízkosti koncentračního tábora v Litoměřicích a 22 000 zpopelněných obětí bylo vysypáno do řeky Ohře. Důvodem byly snahy zahladit stopy po zločinech spáchaných na židovském obyvatelstvu zde v Terezíně.