Nejvýznamnějším exponátem jsou Krýzovy jesličky, které jsou největším lidovým mechanickým betlémem na světě, zapsaným od roku 1998 v Guinnessově knize rekordů.

Dále je zde k vidění kolekce gotických plastik a unikátní soubor malovaných ostrostřeleckých terčů a terčových zbraní. Muzeum Jindřichohradecka nabízí také expozice cechů a hodin, knižní kultury, měšťanské a lidové kultury 19. století, církevních památek, archeologie, historii lékárenství v Jindřichově Hradci či síň Emy Destinové.