Při budování barokní vojenské pevnosti roku 1654 byl z obou stran zkrácen a postupně zvenku zasypán a včleněn do pevnostní zdi.

V roce 1764 byla před kostelík postavena kaple Panny Marie Šancovské, kterou se do něj také procházelo. V rámci josefínských reforem byl kostel roku 1787 zrušen a předán vojenské správě, která jej nadále využívala jako skladiště či zbrojnici a později zde bylo i obydlí chudiny.

Zbytky zaniklého kostela si můžete prohlédnout v rámci placené prohlídky s průvodcem.